Cellule de Conservation des collections scientifiques – C3S
Les échantillons au CEREGE
Le CEREGE couvre les disciplines des Géosciences de l’Environnement (la paléoclimatologie, la paléocéanographie, la géodynamique, la dynamique des sols, l’eau, les déchets, la planétologie….).
Nous accueillons les éléments « humides » (eaux, sédiments..) dans des containers et des chambres froides tandis que le stockage « sec » est entreposé dans carothèques et laboratoires.
L’éclatement géographique associé à la variété des typologies et au nombre toujours croissant d’échantillons a nécessité non seulement l’implication du personnel mais aussi la mise en place d’une base de données géré par un système de gestion intégré appelé collec-science.
L’équipe
- D. Delanghe, équipe Terre et Planètes
- S. Conrod, équipe Climat
- G. Gassier, équipe RHYCA
- W. Barthelemy, équipe Climat
Nous sommes joignables à cette adresse : stockage@cerege.fr
Curation : un constat amenant des solutions
Le besoin de coordination de la gestion des échantillons pour le partage de l’information, le suivi des échanges, analyses et données pour leur ré-utilisation, la traçabilité de la donnée, l’accès à des sites inaccessibles aujourd’hui, l’accès aux données et aux publications associées a fait naître en 2019 la Cellule de Conservation des Collections Scientifiques (C3S) qui s’est emparée de ces questions, dans un contexte national sur le préservation des collections (colloque Paléonto, Villers sur Mer, sept. 2022 ; réseau géocollections et Géothèque Virtuelle).
Elle s’organise autour d’une équipe projet de 3 personnes, de référents techniques issus des 4 équipes, de personnes ressources scientifiques dans les équipes et est en lien avec la Direction via 2 référents.
Ses enjeux sont de 2 ordres étroitement liés :
Enjeux structurels à savoir assurer la bonne conservation des échantillons et assurer de la place pour tous.
- Garantir un échantillonnage et des analyses de qualité dans le temps
- Assurer l’acquisition et le traçage des informations
- Optimiser les espaces
Enjeux de préservation des informations et assurance de visibilité
- Localiser les archives
- Accéder rapidement à tous les échantillons
- Préserver sa traçabilité, son parcours, sa filiation
- Partager l’information
Base de données relationnelle :
Construire, stocker, organiser, présenter les données de manière à les rendre accessibles facilement et rapidement et ré-utilisables.
Comment ?
Une base de données relationnelle avec emboitements :
C3S propose sa propre ontologie et thésaurus en concertation avec les chercheurs et la communauté ayant effectué cette réflexion (GT CyberCarothèque, IGSN, eRecolnat).
Aujourd’hui, c’est une collection CEREGE créée pour 6 types d’échantillons (sédiment, roche, sol, biologie, liquide, glace), 19 types de contenants et un template de méta-données caractéristique métier propre aux Géosciences.
COLLEC-SCIENCE : SGBD adapté à la recherche
Collec-Science (CS) est une application web modulable, paramétrable, de suivi des échantillons collectés dans le cadre d’expérimentations scientifiques.
Nous avons adapté CS à notre structure de données pour :
- Organiser, structurer, rationaliser : possible par la grande plasticité des métadonnées
- Tracer : localisation dans les stocks, affiliation des sous-échantillons, étiquette (QR codes)
- Pérenniser, sécuriser, gagner en autonomie : déployée par les serveurs du CEREGE, annuaire LDAP
- Visualiser et valoriser les informations
- Gérer « la vie de l’échantillon »
Et maintenant ?
Aujourd’hui ce travail s’intègre dans une réflexion nationale avec la participation aux GTs Collec-Science, COPIL Cybercarothèque, GT Géothèque Virtuelle, GT BDD REGEF.
Dans l’objectif de rendre les informations et les échantillons associés dans une dynamique.
